Es gibt einige Unterschiede zwischen den von ibaAnalyzer unterstützten Datenbanken. Zum Beispiel sind die Spaltennamen von ibaAnalyzer für Oracle und MSSQL nicht identisch.

Sehr stark sind die Einschränkungen insbesondere bei der Objekt- und Spaltenbenennung bei großen Datenbanksystemen, die auf Mainframe-, VMS- oder UNIX-Plattformen und -Architekturen basieren (DB2-UDB, Oracle). Daher können einige Funktionen von ibaAnalyzer nicht mit allen Datenbanksystemen zusammenarbeiten, z. B. BLOBs oder kaskadierende Constraints, siehe Anpassung und Integration.